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IODP 349航次中方研究活动由科技部领导，科学上由中国综合大洋钻探（IODP）专家委员会组织实施，具体事务由中国IODP办公室负责。目前航次前的各项准备工作正在顺利推进。
在2013年4月航次前准备会议的基础上，首席科学家与USIO完成了航次科学计划书，详细拟定了有关的科学目标、计划与实施方案等问题，该计划书已于2013年5月31日正式在线出版。
IODP 349航次船上科学家团队正在组建之中，首席科学家已经确定由同济大学李春峰教授和美国伍兹霍尔海洋研究所林间教授担任，其他船上科学家由IODP各成员国向IODP美国执行机构（USIO）提名，最后由首席科学家和USIO确定，目前船上科学家的申请工作已经结束，首席科学家和USIO正在讨论最终的邀请名单，预计将在9月初完成。
国内科学家上船由中国IODP办公室负责召集，日前中国IODP专家委员会已经决定了349航次的推荐名单，中国IODP共推荐26位科学家供首席科学家在组建科学家团队时考虑，根据前期中国IODP办公室与美国国家科学基金会（NSF）沟通的结果，IODP 349航次将有12名中国科学家可以上船参加航次（表1），这些科学家将来自国内教育部、中科院、国土资源部、海洋局等系统的大学和研究所，例如同济大学、北京大学、中国海洋大学、中国地质大学、中科院南海海洋研究所、海洋研究所、地质与地球物理研究所、广州地球化学研究所、国家海洋局第一、第二海洋研究所、国土资源部广州海洋地质调查局等。这些单位是国内从事地球科学相关领域研究的重要研究力量，特别是南海地质与地球物理等方面的研究较为突出，代表了国内南海地质与地球物理研究的最高水平。
根据中国IODP与USIO讨论的最新结果，IODP 349航次目前已经确定于2014年1月26-3月30日执行，航次将从香港出发，结束于台湾基隆，相对于之前从马尼拉出发的方案更有利于中国IODP举办起航仪式等纪念活动。目前的计划显示：1月26-28日3天作为港口召集（Port call），钻探船将进行补给，同时开展一些科普与宣传工作，组织相关人员参观钻探船，扩大IODP在国内的影响。1月29日JR将离开港口开赴南海实施钻探，3月30日结束航次，抵达台湾基隆港，为下一个航次做准备。
此外，中国还可以派1位观察员参加航次。中国IODP办公室正在积极寻找1位媒体记者作为观察员随船参加航次，可以在船上向国内进行新闻报道、下船后制作专题片对IODP进行宣传报道，进行科普与教育活动，使国内公众更多了解IODP。
